Главный герой, вернувшийся после долгих лет, обнаруживает, что город почти не изменился. Но что изменилось так это люди. Они говорят шепотом, избегают взглядов, и когда он спрашивает о Юре, в их глазах появляется страх. Он пропал давно, говорит один, его голос дрожит, как осенний лист. Он никогда не уходил, шепчет другой, и его глаза смотрят мимо, как будто он видит что-то, чего нет. Но один факт остается неизменным: его следы заканчиваются здесь, в этом городе, где время остановилось. На стенах домов, по которым он проходит, он замечает надписи, выцветшие от времени: Здесь был Юра. Они как призраки, преследующие его на каждом шагу, напоминающие о том, что некоторые вещи не хочется вспоминать.
По мере того как он углубляется в поиски, он начинает замечать странные детали. Старые фотографии, на которых Юра изображен в разных местах города, но с одинаковым выражением лица пустым и безжизненным, как будто он уже тогда знал, что его ждет. Он встречает старых друзей, которые рассказывают разные версии одной и той же истории. Один говорит, что Юра уехал в большой город и стал успешным, его слова звучат уверенно, но в них нет теплоты. Другой что он умер в аварии, и его голос дрожит, как будто он сам в это не верит. А третий, дрожащим голосом, шепчет: Он все еще здесь, но не в том мире, который мы знаем. Главный герой начинает сомневаться в своей памяти и в реальности вокруг. Ночи становятся длиннее, а дневной свет тусклее, как будто сам город пытается скрыть правду. Ветви деревьев скрипят, а тени на стенах движутся, создавая иллюзию, что кто-то наблюдает за ним.
Однажды ночью, когда дождь наконец стихает, а луна освещает улицы, он находит старый дневник Юры, спрятанный в подвале дома, где они когда-то жили. В дневнике описаны события, которых он не помнит, и вопросы, на которые нет ответов. Кто я написано на одной из страниц, буквы дрожат, как будто написаны в спешке. Почему я здесь на другой. Он понимает, что Юра не просто исчез он оставил за собой след, который нужно расшифровать. В этой ночи, когда ветер стихает, а город затихает, он находит ключ к разгадке, но этот ключ ведет его в бездну, из которой нет возврата. Он понимает, что правда, возможно, хуже, чем он мог себе представить.
Фильм Здесь был Юра заканчивается там, где начался в этом городе, где время остановилось. Главный герой понимает, что правда sometimes бывает слишком тяжелой, чтобы ее вынести. Он решает оставить прошлое в прошлом, но знаки на стенах остаются, напоминая ему, что некоторые вопросы не имеют ответов. Он уезжает, но город остается, а с ним и память о тех, кто здесь был. И где-то вдалеке, за пределами города, он слышит шепот ветра, который повторяет: Здесь был Юра. Этот шепот будет преследовать его до конца его дней, напоминая о том, что некоторые тайны лучше оставить неразгаданными.